Основне завдання - зберегти якість насіння певний час від збирання до використання. 

У залежності від призначення термін зберігання насіння може бути різним. У озимих культур він становить близько 5 місяців, перехідні фонди озимих культур - 12-24 міс, насіння ярих - 7-8 міс, а їх страхові фонди - 12-24 міс. Насіння колекцій науково-дослідних і селекційних установ зберігається три-п'ять років і більше.

Насіння, що закладається на зберігання, повинно мати високу життєздатність. Насіння зі зниженою енергією проростання та схожістю, травмоване, проросле, неякісно відсортоване, пошкоджене патогенною мікрофлорою зберігається погано.

Насіння, вирощене на збалансованому за фосфором фоні, зберігається краще, ніж насіння, вирощене на азотному фоні. Насіння, вирощене при сухій сонячній погоді зберігається краще. Вилягання зернових культур, особливо в ранні строки, значно погіршує якість насіння. Насіння, зібране з полеглих посівів і закладене на зберігання, характеризується зниженою лабораторною схожістю. Урожайність рослин, вирощених з такого насіння, завжди нижча.

Запізнення зі строками збирання негативно впливає на якість насіння і тривалість зберігання. Наявність пророслих зерен у насіннєвій масі може призвести до значного зниження схожості, та переведення всієї партії насіння до некондиційної.

При підвищеній вологості насіння  розпочинається ріст і розвиток мікроорганізмів. Гриби можуть розвиватися на поверхні насіння зернових культур з вологістю 14,5-15,0%, іноді – 13%, а на насінні бобових - з вологістю 16%. При цьому мікроорганізми проникають у внутрішні тканини насіння, уражають його і руйнують не лише покривні тканини, але і зародок, що може призвести до повної втрати схожості.

За сприятливих умов насіння здатне тривалий час зберігати високі посівні властивості. Ці умови визначаються головним чином вологістю і температурою насіння. Чим нижчі вологість і температура насіння, тим більш тривалий час воно здатне проростати.

 Основні правила зберігання насіння:

- насіння різних сортів зберігають окремо;

- насіння одного сорту, яке відрізняється за категоріями та посівними  якостями зберігають окремо;

- насіння важковідокремлюваних рослин зберігають не поряд;

Вимоги до насіннєсховищ:

- ізоляція насіння від атмосферних та ґрунтових вод і різких        перепадів температури (це досягається гідроізоляцією підлоги, твердим її покриттям);

- наявність надійної покрівлі, цілих ущільнених вікон;

- ефективний захист від проникнення гризунів, шкідливих комах і птиці;

- запобігання змішуванню різних партій насіння і засміченню насіння іншими видами;

- контроль і регулювання процесу зберігання насіння: до кожної партії насіння (і до кожного контейнера) повинен бути вільний доступ для огляду і відбору проб;

- механізація завантаження, вивантаження насіння із насіннєсховища і переміщення насіння в середині насіннєсховища;

- забезпечення легкої дезінсекції приміщення і насіння.

У період зберігання насіння у насіннєсховищах контролюють температуру і відносну вологість повітря, наявність шкідливих комах і гризунів. Періодичність контролю: перші один-два місяці кожного дня, пізніше — два рази на тиждень.

Температура насіння - найважливіший показник, що характеризує стан насіннєвої маси. Низька температура в усіх ділянках маси насіння є показником її нормального стану і свідчить про консервацію. Підвищення температури свідчить про активацію фізіологічних процесів і початок самозігрівання.

При висоті насипу більше ніж 1,5 м температуру визначають на трьох рівнях: 30-50 см від поверхні, у середній частині і внизу, біля підлоги. Періодичність визначення температури залежить від стану насіння в період зберігання. При тимчасовій консервації в перші три місяці зберігання перевірку температури проводять через кожні три дні, а потім при температурі насіння 10 °С - через кожні 10 днів, а коли температура насіння нижча 10 °С - двічі на місяць.

Вологість також є важливим показником,  який характеризує стан насіннєвої маси при зберіганні.   Вологість насіння визначають у кожній партії окремо. У кожному засіку вимірюють у трьох шарах (на 30-40 см від поверхні, у середині насипу .і біля підлоги) один раз на місяць при температурі насіння нижче 0 С і два рази на місяць при температурі насіння вище 0° С, а також після кожного транспортування чи обробки. Особлива увага приділяється насінню, що зберігається поблизу стін та у верхньому шарі, де в першу чергу можливе зігрівання. Одночасно визначають зараженість насіння, а також його органолептичні показники. Одночасно визначають і заселеність насіння шкідниками, а також колір насіння і його запах органолептично.

Схожість кондиційного насіння визначають 1 раз на 4 місяці. До сівби насіння перевіряють на схожість за 2 тижні.

Результати всіх спостережень фіксуються в журналі спостережень. Такий порядок дозволяє аналізувати стан партій насіння, контролювати правильність організації його зберігання та своєчасно вживати заходи технологічного характеру (охолодження, сушка, знезаражування тощо).